Arrivé du PSV Eindhoven en décembre 2012, le Marocain a eu du mal à s’imposer. Sur les 35 matchs joués, dont 18 entrés en cours de jeu, Afellay n’a marqué que deux buts la première année de son recrutement, qui fut d’ailleurs très prometteuse. La faute aux multiples blessures et à une concurrence très rude au sein du club.
En septembre 2011, soit seulement un an après son arrivée, la malchance veut que le joueur soit victime d’une rupture des ligaments croisés au cours d’un entrainement avec son club. Cette blessure l’éloigne plus de 7 mois des terrains.
En août 2012, le Barça décide de le prêter au club allemand de Schalke 04, mais les séquelles de sa blessure sont encore bien présentes. Il ne lui restera finalement que 10 rencontres avec le club avant de revenir en Espagne.
C’est donc hier que le FC Barcelone a décidé de se séparer d’Afellay, un an avant la fin officielle de son contrat, en le prêtant au club grec de l’Olympiakos, dirigé par l’ex madrilène Míchel González.