Frédéric Encel a consacré une chronique intitulée « Derrière la brouille avec le Maroc, les mauvais choix d’Alger » aux relations entre les deux pays voisins. Il explique à travers cette chronique publiée dans L’Express les raisons pour lesquelles la crise maroco-algérienne s’enlise. « Les reproches et les revendications proviennent surtout d’Alger », précise-t-il, que « l’amertume algérienne devant la réussite de son voisin » est à l’origine de cette crise. Selon l’auteur de l’article, l’Algérie considère le Maroc « comme archaïque car monarchique, et faible de ne pas s’être décolonisé par la guerre », mais « la dynastie chérifienne a réussi l’exploit — quasi unique dans l’immense espace arabe — de demeurer indépendante face à l’Empire turc ottoman comme devant les puissances européennes, incarnant (un demi-siècle seulement) un simple protectorat jusqu’au retour à la pleine souveraineté dès 1956 ».
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L’universitaire estime que l’amertume récurrente d’Alger provient de l’échec d’un régime ayant adopté quantité de mauvais choix. « Le rejet de l’apprentissage du français après l’indépendance, qui a affaibli les capacités commerciales et l’aura diplomatique du pays — les professeurs d’arabe “importés” d’Égypte ayant ramené avec eux le fanatisme des Frères musulmans en contribuant à la terrible guerre civile de la décennie 1990 ; un système économique rentier, dirigiste et corseté par le FLN et l’armée qui a plombé un pays pourtant riche en hydrocarbures, dont les retombées n’ont jamais bénéficié à la population — d’où la récurrence et la force des mobilisations sociales jusqu’au récent Hirak ; le jusqu’au-boutisme dans le soutien politico-militaire aux militants sahraouis et dans l’intransigeance inopérante sur le conflit israélo-palestinien, qui isole un peu plus diplomatiquement un État déjà entouré à l’est et au sud d’États faillis… »
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Selon Frédéric Encel, le roi Mohammed VI a, à l’opposé des dirigeants algériens, opéré un bon choix en reconnaissant non plus seulement symboliquement, mais aussi constitutionnellement une triple culture, notamment arabe, berbère et juive, qui « exaspère le pouvoir algérien ». Ce dernier est « arc-bouté sur un narratif strictement étato-national et arabe », fait-il remarquer.